設定在2040年，也就是一代事件發生40年後。 在Cydonia的外星人大腦被摧毀後，一個發射器仍然活躍在那裡，喚醒了一群在地球海底沉睡了數百萬年的外星人。 醒來後，外星人開始恐嚇海船和港口城市，綁架人類對他們進行奇怪的基因實驗。 在第一次外星人戰爭後解散的X-COM被地球政府復活，以對抗這種新的威脅，因為外星人的最終目標是喚醒他們的最高領袖，一個一旦復活就無法封锁的存在。 就像一代一樣，遊戲由兩部分組成。 第一個是基於實时的地球的全球視圖，玩家可以在其中查看外星人和X-COM工藝和基地，可以雇傭和解雇員工，買賣車輛、武器、彈藥和物品，以及建造和擴展基地.第二部分，戰鬥，用於外星人和人類小隊之間的戰鬥，從等角視圖採用回合制戰鬥的形式。 一代遊戲中的所有外星科技都無法在鹽水中使用，這迫使玩家捕捉和開發新技術。