故事開頭是從前作《瘋狂大樓》中；居住在瘋狂科學家佛瑞德·愛迪生博士（Dr. Fred Edison）的大宅裡，外觀像章魚腳、三角錐形狀模樣的外星生物紫吸盤（Purple Tentacle）與綠吸盤（Green Tentacle）所開始。 某一天紫吸盤和綠吸盤在佛瑞德博士的實驗室外頭閒晃時，紫吸盤在好奇心下直接喝了從實驗室所排放出來的有毒廢水。而原先身軀並沒有四肢的紫吸盤在喝下廢水後，除了發生長出雙臂、智力提升等異變外心中也冒出想要征服整個世界的念頭。當佛瑞德博士發現此狀況後，便將紫吸盤和綠吸盤給抓住、想將它們一同處決掉。 而害怕生命安危的綠吸盤便趕緊在佛瑞德博士行動前，寫了求救信給它在前作《瘋狂大樓》認識的人類朋友──熱衷於科技的怪胎伯納德·伯努利（Bernard Bernoulli）。當伯納德收到綠吸盤的信件後，便請他的兩名室友──胖身材、平時替一些樂團處理巡迴演出的霍基（Hoagie）與就讀醫藥科系、舉止有點古怪傻氣的女學生蕾雯（Laverne）一同前去拯救綠吸盤它們。 在伯納德救了紫吸盤和綠吸盤後，紫吸盤仍不放棄征服世界計劃而逃離不見蹤影。為了挽回不可收拾的局面，佛瑞德博士便要求伯納德三人搭乘他利用行動廁所改造、以鑽石作為動力來源、名為「Chron-o-John」的時光機，回到紫吸盤喝廢水前的時刻阻止它。 但因佛瑞德博士在開發過程裡偷工減料，以劣質的彷鑽當作時光機的能量來源，使得伯納德三人在搭乘時光機中出現狀況。之後伯納德雖沒事地回到一開始搭乘時光機的地方，但霍基漂流到距離二十世紀前兩百年的美國開國時期、遇見了喬治·華盛頓以及約翰·漢考克等開國元老人物；蕾雯則是漂流到二十世紀後兩百年已被紫吸盤統治地球的未來世界。為了讓時光機啟動重新回到二十世紀以及阻止紫吸盤征服地球，伯納德三人便透過Chron-o-John內建的可將物品透過時光隧道傳遞之設備互作聯繫；進行了一連串荒謬無厘頭的歷險。